2002年2月8日，財政部副部長張佑才、教育部副部長張保慶來校座談，聽取“中國教育經濟信息網”建設工作匯報。
2003年，受教育部財務司委托，“教育部直屬高校財務月報系統（舊版）”試運行。
教育經濟信息網基礎建設為期9年，共分為兩個階段，一期為教育部分中心、財政部分中心和CEE管理中心等三個中心站點建設，二期為省級數據采集站點建設。建成后用于開展教育部直屬高校財務決算年報、教育審計年報、教育部及直屬高校間的公文流轉等業務。
2004年3月2日，教育部財務司司長楊周復、財政部教科文司司長李萍蒞臨視察。
www91视频2004年4月2日，教育部財務司副司長徐孝民、預算與審計處處長劉玉光、副處長楊宇蒞臨，檢查指導工作。
2004年10月1日，“教育審計網”上線運行。
2005年3月，受教育部教育政府采購中心委托，完成建設“中國教育政府采購網”，實現了教育部政府采購信息的網絡發布。
www91视频2005年7月8日，教育部財務司召開“中國教育經濟信息網（CEE）省級站點應用系統”試運行啟動會。教育部財務司預算處處長郭鵬、專項處副處長宋家樂，CEE管理中心主任、北京科技大學副校長武德昆等參加了會議。
www91视频2005年12月，受教育部學生資助管理中心委托，完成建設“全國學生資助網”，實現了學生資助信息的網絡發布。
www91视频2006年9月1日，受全國農村義務教育經費保障新機制改革領導小組辦公室委托，完成建設“全國保障辦管理信息系統”和“全國農村義務教育經費保障新機制工作網站”。
www91视频2007年1月15日，“CEE新版門戶網站”上線，改版后的CEE門戶網站將管理中心所屬11個系統進行了資源整合和系統優化，全面完善了網絡功能。
2007年6月7日，教育部部長助理楊周復、財務司高教財務處處長郭鵬蒞臨中國教育經濟信息網（CEE）管理中心視察指導工作。楊周復部長助理一行考察了CEE資金監控室、中心機房等CEE管理中心硬件條件和辦公環境，聽取了管理中心主任、北京科技大學副校長武德昆關于CEE項目建設應用情況及教育部直屬高校資金監控工作的匯報，對加強CEE項目建設工作領導、繼續做好直屬高校資金監控工作提出了要求。北京科技大學財務處處長何民慶、副處長孫亞東，CEE管理中心常務副主任蔣宏潮等參加了匯報。
www91视频2007年11月21日，中國教育經濟信息網一期建設工程專家驗收會在北京科技大學召開。評審專家組由教育部教育管理信息中心總工程師曾德華及其他6位來自中科院軟件中心、清華大學、中國電子工程設計院、北京郵電大學和北京科技大學的專家組成。教育部財務司預算與審計處處長劉玉光、北京科技大學副校長武德昆出席了會議。
www91视频2008年3月21日，教育部財務司司長陳偉光、副司長徐孝民、預算與審計處處長劉玉光一行來到中國教育經濟信息網（CEE）管理中心，考察指導工作。陳偉光司長一行聽取了CEE管理中心主任、北京科技大學副校長武德昆關于CEE項目建設和應用情況的匯報，重點了解了教育部直屬高校資金監控工作的開展情況，實地考察了CEE管理中心。陳偉光司長在講話中充分肯定了CEE管理中心近年來在加快項目建設、充實項目應用、服務教育財務管理等方面所取得的成績。他要求進一步加強管理，確保CEE項目規范、有序開展，深化教育財務信息化，為教育財務管理工作提供更大、更好的支持。
2008年4月28日，中紀委駐教育部紀檢組組長、部黨組成員田淑蘭同志蒞臨中國教育經濟信息網（CEE）管理中心視察項目應用工作情況。教育部財務司司長陳偉光、副司長徐孝民、預算與審計處處長劉玉光，直屬高校工作司副司長牛燕冰，中紀委駐部紀檢組副組長李勝利，監察部駐部監察局副局長曲吉山等負責人陪同視察。
2008年8月，受教育部財務司委托，完成建設“國家中西部農村初中校舍改造工程管理系統”，并進入試運行階段。
www91视频2009年3月，受教育部財務司委托，完成建設“中西部特殊教育工程管理系統”，近500用戶實現了數據的首次上報。
2009年5月，行政事業單位資產管理系統的試點運行基本完成，教育部四個試點單位（教育部辦公廳、北京化工大學、上海交通大學、山東大學）都通過CEE管理中心上報了數據，資產系統軟件單位版和主管部門版的各主要功能均通過了測試。
2009年6月，“全國中小學校舍安全工程”（簡稱“校安系統”）于2009年6月試行，負責“校安系統”工程相關業務的通知和報送，用戶涉及32個省級單位。
2009年11月，受教育部財務司委托，完成建設“教育部直屬高校大額資金監控系統”和“教育部直屬高校財務月報系統”。
www91视频2009年12月8日，教育部黨組成員、中央紀委駐教育部紀檢組組長王立英同志蒞臨中國教育經濟信息網（CEE）管理中心。教育部財務司司長陳偉光、監察部駐教育部監察局局長李勝利、財務司預算與審計處處長劉玉光等人陪同視察。
www91视频2009年12月9日，中國教育經濟信息網二期建設項目驗收專家評審會。
www91视频2011年8月，受財政部教科文司委托，完成建設“中央高校預算編制基礎信息數據上報系統”，并投入運行。
2012年2月29日，財政部教科文司副司長吳國生、教育部經費監管中心副主任李大光蒞臨視察。
2012年6月，受國務院教育督導委員辦公室委托，完成建設“學生營養改善計劃月報表系統”。6月15日，啟動了首次業務上報任務。
2012年8月21日，出版2011年《中國教育經濟評論》（教育科學出版社）。
www91视频2012年9月，與北京科技大學合作開展“中國教育經濟信息網數據挖掘關鍵技術和應用系統”課題研究。
2013年7月，受教育部財務司委托，完成建設“教育部直屬高校財務月報系統（新版）”。
2013年7月，“CEE專項業務系統”上線，用于實現中央部委直屬高校、教育部直屬事業單位、地方教育廳局等教育系統部門財務相關數據的采集、統計與分析工作。
2013年8月，受國務院教育督導委員會辦公室委托，完成建設“學校食堂建設項目進展情況月報表在線填報系統”的建設工作，系統完成開發及測試, 9月進行首次上報。
www91视频2013年9月，完成CEE至教育部經費監管事務中心專線，線路接入CEE中心機房，并完成相關調試。
www91视频2013年12月，受教育部經費監管事務中心委托，完成建設“教育部直屬高校資金監控系統”，并進入試運行階段。
www91视频2014年6月，受財政部教科文司委托，完成建設“中央財政高等教育信息服務平臺”，并上線運行。
2014年7月23日，完成CEE至教育部教育管理中心專線，線路接入CEE中心機房，并完成相關調試。
2015年，為理順管理體制，充分發揮CEE建設效益，教育部決定CEE劃歸教育部經費監管事務中心管理，并啟動劃轉相關工作。
2015年3月，受教育部財務司委托，“財務司綜合財務管理平臺預算管理”上線運行。
2015年4月，受教育部財務司委托，“財務司OA系統”上線運行。
2015年5月，受國務院教育督導委員會辦公室委托，完成建設“全面改善貧困地區義務教育薄弱學校基本辦學條件項目雙月報表系統”，并正式上線運行。
2015年6月，受教育部經費監管事務中心委托，完成建設“全國教育財會系統培訓報名信息系統”，并正式上線運行。
2015年7月，受教育部財務司委托，完成建設“國家中西部農村初中校舍改造工程系統（新版）”，并上線運行。
www91视频2015年12月，受教育部經費監管事務中心委托，完成建設“教育部經費監管事務中心門戶網站”、“教育部經費監管事務中心OA系統”，并正式上線運行。
2016年1月，受教育部政府采購中心委托，完成建設“教育部政府采購中心業務系統”，并正式上線運行。
2016年12月12日，教育部印發通知由教育部經費監管事務中心承擔“中國教育經濟信息網”管理職能，明確CEE主要職責。
2017年6月，CEE平臺全部業務遷移至教育部數據中心，由教育部經費監管事務中心與教育部教育管理信息中心共同承擔安全運維工作與責任。教育部經費監管事務中心新租辦公場地，承接CEE業務工作，安置和接管相關業務人員，妥善處置原有資產。